Rušené body v seznamu souřadnic nejsou ze souborů rovnou úplně smazány. Jsou sice vypuštěny z indexového souboru, ale v datovém souboru dostanou pouze příznak, že jsou zrušeny, ale jejich údaje jsou v souboru zachovány. Touto funkcí je lze obnovit. Bod je znovu zařazen do indexového souboru a jeho záznam v datovém souboru dostane zpět příznak platného záznamu. Pokud však již mezi tím byl do souboru přidán platný bod stejného čísla, bod se neobnoví a v seznamu zůstane jeho nová podoba. To platí i v případě, že bod byl před tím vícekrát zadán a smazán, tedy v souboru je více zrušených bodů stejného čísla: obnoven bude pouze jeho první výskyt, všechny další budou při obnově ignorovány.
Zrušené body však zůstanou v souboru zachovány jen do spuštění funkce Obnova - indexování se zvolením úplné rekonstrukce. V případě úplné rekonstrukce jsou do nového datového souboru převzaty pouze platné body. V případě rekonstrukce s pouhým novým vytvořením indexového souboru, zůstane datový soubor nezměněn a zrušené body jsou v něm nadále zachovány.