Program GEUS nepoužívá k uložení své konfigurace registr Windows, ale soubory INI ve vlastních pracovních adresářích. Při návrhu programu nám tato varianta připadala bezpečnější a pohodlnější pro uživatele. Výjimkou jsou asociace přípon souborů s programem GEUS, které musí být z principu uloženy v regsitru Windows.
Konfigurace programu, se ukládá ve třech až čtyřech úrovních:
1. úroveň: Nejzákladnější nastavení provedené ve formuláři Základní nastavení GEUS. Jedná se hodnoty platné minimálně v rámci celého počítače, v případě sdílené síťové instalace i v rámci celé sítě. Ukládá se do souboru GEUS.INI vždy do adresáře, kde je soubor GEUSw.EXE. Proto při nastavování těchto hodnot musí mít uživatel právo zapisovat do adresáře s instalací programu GEUS (toto právo může být hlavně na sdílených discích omezeno). Tyto hodnoty by se během běžného provozu neměly více méně měnit.
2. úroveň: Hodnoty platné hlavně v rámci celého počítače. Nastavují se na kartě Start ve formuláři Nastavení prostředí GEUS. Ukládají se do souboru do adresáře DataPath, který se nastavuje ve formuláři Základní nastavení GEUS. Pokud není tento adresář nastaven, ukládá se do adresáře se souborem GEUSw.EXE. Jméno souboru je odvozeno z jména uživatele počítače, pokud by nebylo vyplněno, je načteno jméno počítače, pokud by ani to nebylo vyplněno, nastaví se jméno napevno na GEUSSTART. Přípona souboru je vždy INI. Stejným způsobem se ukládají polohy jednotlivých oken program do souboru se stejným jménem a příponou, ale k jménu je připojen text "_f".
Příklady:
MARTIN.ini ; základní konfigurace
MARTIN_f.ini ; konfigurace polohy oken
3. úroveň: Ostatní nastavení programu se ukládají dle nastavení přepínače Jeden základní konfigurační soubor pro jednoho uživatele v celém počítači. Předpokládá se, že by měla být zachována různá nastavení v rámci jednoho počítače v závislosti na typu práce, zakázky a hlavně uživatele. Proto se soubor ukládá automaticky při ukončení programu dle nastavení Jeden základní konfigurační soubor pro jednoho uživatele v celém počítači.
4.úroveň: Tato úroveň se ukládá pouze pokud je zapnut přepínač Ukládat konfigurační soubor ke každému seznamu souřadnic na kartě Start v Nastavení prostředí GEUS. Tento přepínač se ukládá do konfigurace 2. úrovně, tedy platí vždy pro ceý počítač. Pokud je zapnut, uloží se každému seznamu souřadnic konfigurační soubor, který má stejné jméno jako seznam souřadnic, ale s příponou CFS (cf=konfigurace, s=seznam). Pokud je ukládání konfigurace na 4. úrovni zapnuto a při otevírání seznamu souřadnic není soubor shodného jména a s příponou CFS nalezen, není načtena žádná konfigurace a stav programu je tedy nezměněn. Obsah konfiguračího souboru CFS je shodný s třetí úrovní.
Konfigurační soubor lze uložit kdykoliv během práce z menu hlavního formuláře následujícími příkazy: