Program GEUS je poměrně rozsáhlý systém funkcí, které se často chovají téměř jako samostatné programy. Součástí programu jsou funkce pro správu databáze bodů, výpočty nad touto databází, přenos dat po sériovém portu... Tomu odpovídají i možnosti nastavení programu. Nejedná se tedy o jednu funkci, která by umožňovalo nastavit kompletně celý program, ale více méně každá logická část programu má své vlastní nastavení.
Z hlediska uživatele je také důležitá logika uchovávání nastavených hodnot po ukončení programu. Některá nastavení se ukládají tak, že se předpokládá, že budou společná pro celý počítač a budou se časem měnit výjimečně, některá se naopak budou měnit po každém ukončení programu a některá i s každým seznam souřadnic. Podrobně o tom pojednává kapitola Konfigurační soubory.
Z hlediska logických celků se možnosti nastavení programu dělí na tři základní části, které je dobře nastavit již před počátkem práce (prací se seznamem souřadnic a výpočty), protože často ovlivňují základní logiku práce:
Nastavení výpočetního protokolu
Mnoho dalších nastavení se provádí přímo na konkrétních místech v programu, kde je lze bez problémů nastavit až v průběhu práce.