Sekundární indexový soubor obsahuje odkazy na vybrané body. Udržuje se automaticky. Pokud není nalezen, například byl smazán, je automaticky vytvořen ve chvíli, kdy je požadováno jeho první použití. Jeho obnovu je zapotřebí použít pouze v tom případě, že dojde z nějakého důvodu k rozporům mezi tímto indexovým souborem a datovým souborem. To projeví např. tím, že nějaký bod je v tabulce zobrazen zvýrazněně, jako by byl vybrán, ale akce s vybranými body ho vynechají.
Tato funkce sekundární soubor smaže a znovu ho vytvoří podle údajů v datovém souboru. Více o sekundárním indexovém souboru viz Výběry ze seznamu souřadnic.