To, že je bod v seznamu souřadnic označený jako vybraný, se v souborech seznamu souřadnic projeví následujícím způsobem:
1. Přímo v datovém souboru (soubor s příponou DAT) dostane bod příznak, že je vybrán. Tento krok je nutný z důvodu zpětné kompatibility s DOS verzí, která používala tento způsob označování bodů. Win verze by jinak tento krok mohla vynechat, protože je poměrně pomalý a zdržuje akce s více body, viz dále.
2. Bod je při vybrání vložen do sekundárního indexového souboru (viz Soubory seznamu souřadnic). To umožňuje zrychlit akce s vybranými body. Protože příznak označeného bodu je v kroku 1. zaznamenán i přímo do datového souboru, zůstane označení bodů zachováno i v případě smazání sekundárního indexového souboru, který není tedy nutné zálohovat. Případně jeho poškození nebo náhodné smazání nemá za následek nenahraditelnou ztrátu informací.
Sekundární indexový soubor lze kdykoliv znovu vygenerovat funkcí Obnova sekundárního indexu ve formuláři Editace seznamu souřadnic.
V budoucnu počítáme s tím, že vybrané body budou zaznamenány pouze v sekundárním indexovém souboru. Krok 1. totiž v případě označování většího množství bodů dost zdržuje, protože je nutné zpracovat celý datový soubor (např. při vybírání celého seznamu souřadnic). Zatím však dostala přednost zpětná kompatibilita s DOS verzí, aby bylo možné seznamy použité ve Win verzi použít zpětně i v DOS verzi. Až časem potřeba této kompatibility klesne, funkci zrychlíme odstraněním kroku 1.